PENGUJIAN PRIMER GEN fim-C BAKTERI Salmonella typhi DAN Shigella dysenteriae MENGGUNAKAN METODE REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION

NURJAYANAH ISLAMI, . (2018) PENGUJIAN PRIMER GEN fim-C BAKTERI Salmonella typhi DAN Shigella dysenteriae MENGGUNAKAN METODE REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION. Sarjana thesis, UNIVERSITAS NEGERI JAKARTA.

	Text ABSTRACT.pdf Download (42kB)
	Text BAB I s.d BAB V.pdf Download (1MB)
	Text COVER.pdf Download (30kB)
	Text DAFTAR PUSTAKA.pdf Download (49kB)
	Text LEMBAR PENGESAHAN.pdf Download (324kB)
	Text KATA PENGANTAR.pdf Download (19kB)
	Text ABSTRAK.pdf Download (18kB)

Abstract

Salmonella typhi dan Shigella dysenteriae merupakan foodborne pathogen yang banyak menimbulkan keracunan makanan, oleh karena itu metode deteksi bakteri terus mengalami perkembangan untuk mengatasi keterbatasan metode konvensional yang membutuhkan waktu analisis yang lebih lama. Metode cepat dan spesifik yang saat ini dikembangkan adalah metode real-time PCR. Metode real-time PCR merupakan suatu teknik sintesis dan amplifikasi DNA secara in vitro sekaligus dengan kuantifikasinya. Metode ini membutuhkan sepasang primer forward dan reverse yang digunakan sebagai pembatas fragmen DNA target yang akan diamplifikasi. Penelitian sebelumnya yang dilakukan oleh Muktiningsih et al. 2017 telah berhasil merancang pasangan primer gen fim-C untuk bakteri Salmonella typhi dengan panjang amplikon 95 pb. Namun, primer tersebut belum diketahui sensitivitas dan spesifisitasnya, oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk menguji kemampuan, sensitivitas dan spesifisitas primer dalam mengamplifikasi gen fim-C Salmonella typhi dan Shigella dysenteriae. Hasil penelitian menunjukkan pasangan primer gen fim-C bakteri Salmonella typhi dapat mengamplifikasi DNA Salmonella typhi pada siklus ke-14, tidak dapat mengamplifikasi Shigella dysenteriae sebagai bakteri non-target dan tidak membentuk primer-dimer. Sensitivitas primer dapat mengenali DNA sampai konsentrasi DNA sebesar 4,528 pg/µL. Primer spesifik sehingga dapat digunakan sebagai pendeteksi bakteri Salmonella typhi pada kasus keracunan makanan, sementara pasangan primer gen fim-C bakteri Shigella dysenteriae mengamplifikasi DNA pada siklus ke-25 dan ke-30 dan hasil visualisasi menunjukkan pita DNA sepanjang ± 100 pb yang seharusnya 153 pb, sementara hasil BLASTN menunjukkan primer terfragmentasi dalam sekuen 153 pb. Berdasarkan hasil yang diperoleh, maka dapat diasumsikan bahwa primer gen fim-C Salmonella typhi memiliki spesifisitas dan sensitivitas yang baik sementara primer gen fim-C Shigella dysenteriae menunjukkan primer yang terfragmentasi ***** Salmonella typhi and Shigella dysenteriae are foodborne pathogens that cause many food poisoning. Therefore, the bacterial detection method continues develop to overcome the limitations of conventional methods that require a longer analysis time. The fast and specific method which currently being developed is the real-time PCR method. The real-time method of PCR is a technique of DNA synthesis and amplification in vitro as well as its quantification. This method requires a pair of forward and reverse primers that are used as the boundaries of target DNA fragments which will amplified. Previous research that conducted by Muktiningsih et al. 2017 has succeeded in designing the primary pair of fim-C genes for Salmonella typhi bacteria with the length of amplicon 95 pb. However, those primer have not known for sensitivity and specificity. Therefore, this research is to test the ability, sensitivity and specificity of primer in amplifying the fem-C genes Salmonella typhi and Shigella dysenteriae. The results showed that the primary pair of fim-C gene Salmonella typhi bacteria can amplify the target DNA on 14th cycle, has good specificity because can not amplify Shigella dysenteriae as non-target bacteria and does not form a primer-dimer. Primary sensitivity can recognize DNA up to concentration of DNA 4.528pg / μL. Meanwhile the primary pair of Shigella dysenteriae bacterial fim-C genes amplified the target DNA readable on the 25th and 30th cycles and results of visualization show a ± 100 bp DNA band that should be 153 bp, while the BLASTN results show a fragmented primer in a 153 bp sequence. Based on the results obtained, it can be assumed that the Salmonella typhi fim-C gene primer has good specificity and sensitivity while the Shigella dysenteriae fim-C primary genes exhibit a fragmented primer

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Additional Information:	1). Dr. Muktiningsih N., M.Si. ; 2). Vira Saamia, S.Si., M.Biomed
Subjects:	Sains > Kimia
Divisions:	FMIPA > S1 Kimia
Depositing User:	Users 14685 not found.
Date Deposited:	15 Sep 2022 03:12
Last Modified:	15 Sep 2022 03:12
URI:	http://repository.unj.ac.id/id/eprint/35927

Actions (login required)

View Item