HOMOLOGI FRAGMEN DNA MIOGLOBIN 114PB PADA BEBERAPA IKAN DEMERSAL SEBAGAI DASAR PENGELOMPOKAN HEWAN TOLERAN HIPOKSIA

AURORA HADILUHUNG, . (2017) HOMOLOGI FRAGMEN DNA MIOGLOBIN 114PB PADA BEBERAPA IKAN DEMERSAL SEBAGAI DASAR PENGELOMPOKAN HEWAN TOLERAN HIPOKSIA. Sarjana thesis, UNIVERSITAS NEGERI JAKARTA.

Text 3425111433 - Aurora Hadiluhung.pdf Download (2MB)

Abstract

Mioglobin adalah protein globular pembawa oksigen yang bekerja untuk mempermudah difusi oksigen dari sitoplasma ke mitokondria. Mioglobin berfungsi sebagai protein penting bagi hewan untuk menjaga homeostatis oksigen tubuh agar dapat bertahan hidup, terutama dalam kondisi kekurangan oksigen yaitu hewan-hewan yang toleran hipoksia. Mioglobin juga merupakan protein homolog yang dapat dijadikan penanda untuk melihat jarak kedekatan antar spesies dalam pengelompokan hewan toleran hipoksia, salah satu contohnya ialah ikan-ikan demersal. Ikan demersal merupakan ikan yang dapat bertahan hidup di perairan berlumpur yang minim oksigen. Keadaan minim oksigen akan mestimulan gen-gen mioglobin untuk aktif dan melakukan fungsinya. Sehubungan dengan mioglobin yang merupakan protein homolog, maka tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi persentase homologi fragmen DNA mioglobin 114pb pada beberapa ikan demersal yaitu ikan Lele, ikan Gabus, ikan Kakap Merah dan ikan Kerapu Lumpur terhadap Chelonia mydas sebagai penanda. Penelitian dilakukan di laboratorium Biokimia dan Molekuler Universitas Negeri Jakarta dengan metode isolasi DNA, PCR dan sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan persentase homologi cukup tinggi antara keempat jenis ikan dengan fragmen DNA mioglobin sepanjang 114pb pada Penyu Hijau (Chelonia mydas) yaitu sebesar 95% pada ikan Gabus, 93% pada ikan Lele, 91% pada ikan Kerapu Lumpur, dan 88% pada ikan Kakap Merah. Selain itu, pohon filogenetik yang terbentuk menunjukkan bahwa ikan Gabus memiliki hubungan kekerabatan terdekat dengan Chelonia mydas. Myoglobin is the oxygen-carrying globular protein that facilitate diffusion of oxygen from the cytoplasm to the mitochondria. it has essential function for animal protein to maintain homeostatis of the body’s oxygen in order to survive, especially in conditions of lack of oxygen like animals tolerant to hypoxia. Myoglobin is also the homologous proteins that can be used as a marker to see the genetic relationship between species within the grouping of animals tolerant to hypoxia, and one of them is demersal fish. Demersal fish is a fish that can survive in the muddy waters that lack of oxygen. Lack of oxygen condition will stimulate myoglobin gene to active and do the function. The purpose of this study was to identify the nucleotide composition and percentage homology of DNA fragment myoglobin 114bp at some demersal fish those are Clarias batrachus, Channa striata, Epinephelus tauvina, and Lutjanus argentimaculatus. The study was conducted in the laboratory of Biochemistry and Molecular State University of Jakarta with DNA isolation, PCR and sequencing methods. The results obtained nucleotide sequences DNA fragments of myoglobin throughout 114bp of the genome fish Clarias batrachus, Channa striata, Epinephelus tauvina, and Lutjanus argentimaculatus and the percentage of homology is quite high with DNA fragments of myoglobin 114bp on a Chelonia mydas with a percentage of homology of nucleotides by 95% in Channa striata, 93% in Clarias batrachus, 91% in Epinephelus tauvina, and 88% in Lutjanus argentimaculatus. The phylogenetic tree from software Clustal Omega shows that Channa striata has the closest genetic relationship with Chelonia mydas.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Additional Information:	1) Dr. Rini Puspitaningrum, M.Biomed 2) Dra. Yulilina Retno D., M.Biomed
Subjects:	Sains > Ilmu Bumi > Biologi
Divisions:	FMIPA > S1 Biologi
Depositing User:	sawung yudo
Date Deposited:	28 Mar 2022 03:37
Last Modified:	28 Mar 2022 03:37
URI:	http://repository.unj.ac.id/id/eprint/25435

Actions (login required)

View Item